L'elettroforesi è una tecnica utilizzata nell'ambito delle analisi di laboratorio che sfrutta la massa molecolare e la carica elettrica delle proteine per valutarne la quantità e la qualità. In laboratorio, l'elettroforesi è una delle tecniche più utilizzate per analizzare la composizione qualitativa e quantitativa delle proteine.
Principi Fondamentali dell'Elettroforesi
Premessa: in generale, l'elettroforesi è un metodo di separazione basato sulla diversa velocità di migrazione di particelle elettricamente cariche, attraverso una soluzione ed un mezzo di supporto poroso e inerte (come carta, gel di agarosio o foglio di acetato di cellulosa), sotto l'impulso di un campo elettrico. Molte molecole di interesse biologico (aminoacidi, peptidi, proteine, DNA e RNA) possiedono gruppi ionizzabili nella loro struttura, quindi, ad un opportuno valore di pH, queste sono presenti in soluzione come specie elettricamente cariche. Quando sono poste in un ambiente basico, le proteine si comportano da acidi: il gruppo COOH dei vari amminoacidi che costituiscono la struttura della macromolecola, si dissocia in COO- (particella negativa) e H+ (ione positivo).
L’elettroforesi delle proteine si basa su due principi fondamentali: la dimensione e la carica delle molecole. Le proteine sono composte da catene di amminoacidi che, a seconda della loro sequenza e della loro conformazione, presentano cariche elettriche diverse. Quando un campo elettrico viene applicato, le proteine si muovono verso l’elettrodo di carica opposta.
La mobilità delle molecole varia in base alle dimensioni, alle cariche elettriche e alle forme delle molecole, alla differenza di potenziale associata al campo elettrico applicato e alla natura del materiale di cui è composto il gel.
L'elettroforesi delle proteine è la tecnica più ampiamente utilizzata in tutti i laboratori di biochimica. Essa è utile per lo studio di soluzioni delle quali si vuole analizzare il contenuto proteico: l’osservazione della migrazione delle diverse molecole, infatti, fornisce uno spettro finale che rispecchia le caratteristiche delle proteine presenti in soluzione.
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Esistono diverse tecniche di elettroforesi, ma le più comuni sono l’elettroforesi su gel di poliacrilammide (PAGE) e l’elettroforesi su gel di agarosio. La PAGE è particolarmente utile per la separazione di proteine di piccole dimensioni, mentre l’agarosio è preferito per molecole più grandi. Un altro aspetto importante è il buffer utilizzato durante l’elettroforesi, che deve mantenere un pH costante e fornire ioni per la conduzione elettrica. La composizione del buffer può influenzare la mobilità delle proteine e, di conseguenza, la qualità dei risultati ottenuti. Infine, la temperatura e il tempo di corsa sono fattori che possono influenzare l’esito dell’elettroforesi. Un aumento della temperatura può causare la denaturazione delle proteine, alterando i risultati.
Preparazione del Campione
La preparazione del campione è un passaggio cruciale per ottenere risultati affidabili nell’elettroforesi delle proteine. Prima di eseguire l’elettroforesi, è necessario estrarre le proteine dal campione biologico, che può provenire da cellule, tessuti o fluidi biologici. Dopo l’estrazione, le proteine devono essere quantificate per garantire che la quantità caricata nel gel sia ottimale. Tecniche come il metodo di Bradford o il metodo di bicinconinico (BCA) sono comunemente utilizzate per quantificare le proteine.
Un altro aspetto importante della preparazione del campione è la denaturazione delle proteine. La denaturazione è spesso necessaria per garantire che le proteine migrino in base alla loro dimensione e non alla loro forma tridimensionale. Infine, è fondamentale diluire il campione in un buffer appropriato prima dell’elettroforesi. La scelta del buffer e la sua composizione possono influenzare la stabilità delle proteine e la loro mobilità nel gel.
Esecuzione dell'Elettroforesi
L’esecuzione dell’elettroforesi richiede una serie di strumenti e materiali specifici. Il primo passo consiste nella preparazione del gel, che può essere realizzato utilizzando poliacrilammide o agarosio, a seconda delle dimensioni delle proteine da analizzare. Una volta preparato il gel, è necessario caricare i campioni nelle pozzetti del gel. Questo richiede l’uso di pipette e punte sterili per evitare contaminazioni. Dopo il caricamento, il gel viene immerso in un buffer di corsa e sottoposto a un campo elettrico. Durante l’elettroforesi, le proteine migrano attraverso il gel e si separano in base alla loro dimensione e carica. Al termine della corsa, il gel deve essere colorato per visualizzare le proteine. I coloranti più comuni includono il blu di Coomassie e il nitrato d’argento.
Analisi dei Risultati
L’analisi dei risultati dell’elettroforesi delle proteine richiede un’attenta interpretazione dei profili ottenuti. Ogni banda visibile nel gel rappresenta una popolazione di proteine con dimensioni e cariche simili. La intensità delle bande è un indicatore della quantità relativa di ciascuna proteina presente nel campione. Bande più scure indicano una maggiore concentrazione di proteine, mentre bande più chiare suggeriscono una minore abbondanza. Inoltre, la presenza di bande multiple può indicare la frazionamento delle proteine o la presenza di isoforme, che sono varianti di una stessa proteina con piccole differenze nella sequenza amminoacidica.
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Infine, l’interpretazione dei risultati deve essere contestualizzata all’interno dell’esperimento. È essenziale confrontare i profili proteici ottenuti con quelli di campioni di controllo o standard per trarre conclusioni significative riguardo alle variazioni osservate.
Errori Comuni nell'Elettroforesi
Nonostante l’elettroforesi delle proteine sia una tecnica consolidata, ci sono diversi errori comuni che possono compromettere l’interpretazione dei risultati. Uno degli errori più frequenti è la sovraccarica del gel, che si verifica quando viene caricata una quantità eccessiva di proteine. Un altro errore comune è l’uso di un buffer di corsa inadeguato. La scelta di un buffer con un pH non ottimale o con una composizione errata può influenzare la mobilità delle proteine e compromettere la qualità della separazione.
La denaturazione insufficiente delle proteine è un altro problema che può influenzare i risultati. Se le proteine non vengono completamente denaturate, possono mantenere la loro conformazione nativa, causando una migrazione anomala nel gel. Infine, un errore comune è la lettura superficiale dei risultati. È importante analizzare attentamente il gel, considerando non solo la presenza di bande, ma anche la loro intensità e posizione.
Tipi di Elettroforesi delle Proteine
Esistono vari tipi di elettroforesi di proteine. E’ possibile separare le proteine in condizioni native sulla base delle dimensioni e della carica (elettroforesi nativa), per punto isoelettrico (isoelettroforesi), oppure solamente in base alle loro dimensioni (SDS-PAGE). In ogni caso bisogna considerare che la velocità di migrazione sarà sempre direttamente proporzionale al campo elettrico applicato e alla carica della molecola, mentre risulterà inversamente proporzionale alla viscosità del mezzo e alle dimensioni della molecola (massa molecolare e forma).
Altro tipo di elettroforesi proteica è quella capillare: sono utilizzati tubi sottili e stretti di diametro interno compreso fra i 20 e i 100 micron, di modo che il calore possa essere velocemente dissipato per poter usare campi elettrici molto alti con la contemporanea riduzione dei tempi di separazione ad alcuni minuti.
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SDS-PAGE
L’elettroforesi SDS-PAGE consiste in un tipo di corsa elettroforetica in cui le molecole proteiche vengono distinte esclusivamente in base alla loro massa. Il nome di questo tipo di tecnica ci indica il suo principale componente: il sodio dodecil-solfato (SDS). L’SDS è un tensioattivo che in presenza di proteine ne rompe i legami non-covalenti denaturandole e quindi privandole della loro forma originaria. Al campione viene aggiunto, inoltre, beta-mercapto-etanolo, che agisce da secondo denaturante rompendo i ponti disolfuro della proteina, e somministrato calore. L’estremità anionica della molecola di SDS lega i residui amminoacidici della proteina impartendo ad essa una notevole carica negativa. In questo modo alle proteine denaturate si impartisce una carica che possa uniformarle tutte.
Sappiamo che, dati specifici valori di campo elettrico e di viscosità del mezzo, a parità di carica, migrerà più velocemente la molecola di raggio minore: per questo spesso viene scelta la SDS-PAGE, poiché permette di confrontare le proteine esclusivamente per quella che è la loro massa. Una volta terminato il processo di elettroforesi il gel di poliacrilamide viene posto all’interno di una soluzione di colorante, in questo caso di Coomassie brilliant blue R-250.
Isoelettroforesi (IEF)
L’isoelettroforesi, o isoelettrofocalizzazione (IEF), oppure ancora focalizzazione isoelettrica, sfrutta il punto isoelettrico caratteristico di ciascuna proteina per distinguere le molecole nella loro corsa sulla matrice di gel. Il punto isoelettrico di una molecola corrisponde a quel valore di pH per cui, se in elettroforesi, la molecola smette di migrare e si ferma. Considerando che una proteina, essendo costituita da amminoacidi, e quindi da potenziali zwitterioni, possiede entrambe le polarità, ciascun polipeptide ha un suo proprio punto isoelettrico (pI) in corrispondenza del quale si ferma in elettroforesi. Se si sottopone una miscela di proteine a elettroforesi attraverso una soluzione o un gel con un gradiente stabile di pH, in cui il pH aumenta in modo regolare dall’anodo al catodo, ciascuna proteina migrerà fino alla posizione corrispondente al suo pI. Il campione è prima sottoposto a IEF in una direzione, quindi le molecole proteiche vengono distinte mediante SDS-PAGE nella direzione perpendicolare.
Elettroforesi Nativa vs Denaturante
Come scegliere fra un’elettroforesi denaturante e una nativa? Una elettroforesi nativa potrebbe dare risultati ingannevoli a causa della forma della molecola, perciò in genere si preferiscono quelle denaturanti. Tuttavia, consente di preservare l’attività biologica della proteina, di identificare la posizione della proteina nel gel mediante specifici saggi funzionali e di recuperarla in forma attiva, ed è indicata per evidenziare la contemporanea presenza di forme monomeriche e oligomeriche di una specie proteica pura. Bisogna però considerare che non si può conoscere a priori la mobilità elettroforetica della proteina, né ne si possono identificare le dimensioni, quindi il risultato resta poco affidabile.
Applicazioni dell'Elettroforesi delle Proteine
L’elettroforesi delle proteine trova ampie applicazioni in biologia molecolare e biotecnologia. Una delle principali applicazioni è la purificazione delle proteine, che consente di isolare proteine specifiche da un campione complesso. Inoltre, l’elettroforesi è utilizzata per analizzare le modifiche post-traduzionali delle proteine, come la glicosilazione o la fosforilazione. Un’altra applicazione importante è il monitoraggio della qualità delle proteine in ambito biotecnologico. Infine, l’elettroforesi delle proteine è utilizzata anche in diagnostica clinica, per esempio, nella separazione delle proteine sieriche per identificare anomalie associate a malattie come il mieloma multiplo.
Elettroforesi Sieroproteica
In particolare, quest'esame consente di separare le proteine in cinque frazioni: albumina, alfa 1 globuline, alfa 2 globuline, beta globuline e gamma globuline. L'alterazione del rapporto tra questi tipi di proteine è indicativa di alcune condizioni patologiche. Chiamata anche elettroforesi proteica o protidogramma, quest'esame è realizzato adottando un metodo molto particolare: al campione è applicato un campo elettrico, grazie al quale le proteine si "raggruppano" per tipologia.
Ciascuna delle proteine che permette di analizzare l'elettroforesi, infatti, ha una propria massa molecolare e una carica elettrica, che consente loro di rispondere alla sollecitazione, fornita dalla corrente continua, in un modo caratteristico. L'elettroforesi è un'analisi di laboratorio che fornisce importanti informazioni circa la quantità di proteine presenti nel siero sanguigno o in altri campioni biologici e, per ogni frazione, rivela se siano presenti delle anomalie in termini di qualità. Il risultato dell'elettroforesi permette di esaminare la concentrazione di questi parametri: l'eventuale alterazione del rapporto tra questi gruppi di proteine si osserva durante alcuni stati patologici. Le proteine plasmatiche sono indicatori molto importanti: eventuali alterazioni delle loro concentrazioni possono segnalare la presenza di numerose malattie.
L'albumina è la più abbondante proteina nel siero, nonché una delle più importanti dell'organismo. Questa viene sintetizzata dal fegato ed è contenuta soprattutto nei liquidi interstiziali e nel plasma, dove rappresenta, da sola, circa la metà delle proteine circolanti. Le globuline alfa 1 e 2 svolgono principalmente una funzione di trasporto dei lipidi, dei grassi del sangue e degli ormoni. Anche le beta globuline trasportano le sostanze presenti nel sangue; tra le più note proteine di questo gruppo vi sono la transferrina (deputata al trasporto del ferro) e la beta-2 microglobulina.
Elettroforesi sieroproteica (esame del sangue): per ottenere il tracciato elettroforetico sul siero è necessario sottoporsi ad un semplice prelievo di sangue dalla vena di un braccio. Elettroforesi delle proteine urinarie (analisi delle urine): è necessario raccogliere una piccola quantità di urine in un apposito contenitore sterile. Prima del prelievo ematico, alcuni laboratori potrebbero richiedere di osservare un digiuno di almeno 10-12 ore. Alcuni medicinali possono influenzare l'esito dell'elettroforesi, pertanto è consigliabile segnalare al medico eventuali terapie in corso. Bisogna sempre ricordare che i valori di riferimento possono cambiare da un laboratorio ad un altro.
PREMESSA: il dosaggio delle proteine totali nel sangue - proteinemia - e dell'albumina - albuminemia - è di norma inclusa nei pannelli di controllo, quindi è frequentemente usata nella valutazione dello stato di salute di una persona. Quando nelle urine è presente un'alta concentrazione di proteine, invece, il medico può richiedere l'esecuzione dell'elettroforesi delle PROTEINE URINARIE. L'elettroforesi delle PROTEINE DEL LIQUOR può essere prescritta quando si sospetta la diagnosi di sclerosi multipla.
Nota bene: l'intervallo di riferimento dell'esame può variare leggermente in funzione di età, sesso e strumentazione in uso nel laboratorio analisi. Per questo motivo, è preferibile consultare i range riportati direttamente sul referto. Normalmente, con l'elettroforesi è riscontrabile una piccola concentrazione di proteine nell'urina. In condizioni normali, la concentrazione delle proteine totali nel liquor è molto bassa.
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